Prvi sačuvani podatak o manastiru Stjenik potiče iz 1710. godine, kada je manastir bio posvećen rođenju Bogorodice. Manastir je kasnije izgoreo i zapusteo, a obnovljen je 1802. godine i posvećen rođenju Svetog Jovana Krstitelja.
U blizini manastira, nalazi se izvor, za koji se veruje da je lekovit.
